Generalsekreteraren är Naturskyddsföreningens högste tjänsteman och rapporterar till styrelsens ordförande. Sedan mars 2017 är Karin Lexén generalsekreterare. Hennes månadslön är för närvarande 85 000 kronor (april 2022). Pensionskostnad enligt kollektivavtal. Ingen ersättning för övertid, jour, restid eller obekväm arbetstid utgår. Årskort på SJ betalas av föreningen och förmånsbeskattas vid privat bruk.
Avtalet med generalsekreteraren uppdaterades den 13 mars 2022 och gäller i fyra år. Om Naturskyddsföreningen säger upp avtalet kan styrelsens ordförande arbetsbefria generalsekreteraren under uppsägningstiden. Inget avgångsvederlag utgår vid uppsägning.